CSIR-NCL प्राकृतिक उत्पाद रसायन शास्त्र अनुसंधान के लिए अच्छी तरह से जाना जाता है और जैसे-जैसे प्राकृतिक उत्पाद अनुसंधान विभिन्न आयामों में विकसित हुआ है, इस क्षेत्र में अनुसंधान समूह विकसित हुए हैं। कई समूह प्राकृतिक उत्पादों के विभिन्न रासायनिक और जैविक पहलुओं पर कार्य कर रहे हैं, जिसमें जैविक गतिविधियां, संश्लेषण और सिंथेटिक संशोधन, औषध रसायन, जैवसंश्लेषण मार्ग का स्पष्टिकरण और सिंथेटिक बायोलॉजी, जैव-उत्प्रेरक आदि शामिल हैं।