सीएसआईआर-एनसीएल में प्रोटिओमिक्स सुविधा में LC-HRMS (थर्मो, क्यू-एक्सक्यूटिव ऑर्बिट्रैप), माइक्रोLC-ट्रिपल-टूएफ-एमएस (Sciex 5600), LC-TQMS (Sciex QTRAP6500), द्वि-आयामी इलेक्ट्रोफोरेसिस (2DE), जेल डाक्यूमेंटेशन सिस्टम, वेस्टर्न ब्लॉटिंग, फास्ट प्रोटीन लिक्विड क्रोमैटोग्राफी आदि शामिल हैं। इस सुविधा का मुख्य उद्देश्य विभिन्न अनुसंधान एवं विकास परियोजनाओं में प्रोटीन की पहचान, मापन और विश्लेषण को सुगम बनाना है, ताकि जैविक प्रक्रियाओं में शामिल आणविक तंत्रों को बेहतर तरीके से समझा जा सके। पिछले कुछ वर्षों में, CSIR-NCL ने मास स्पेक्ट्रोमेट्री-आधारित प्रोटिओमिक्स और मेटाबोलॉमिक्स अनुसंधान के क्षेत्र में महत्वपूर्ण योगदान दिया है।