कार्बनिक रसायन प्रभाग में मूल अनुसंधान से लेकर औद्योगिक रसायनविज्ञान तक अनेक विधाओं में अनुसंधान किया जाता है । इसके अधीन वैज्ञानिक अनुसंधान का केन्द्रबिन्दु उत्कृष्ट कार्बनिक संश्लिष्ट पद्धतियों की खोज और विकास तथा कार्बनिक रसायनविज्ञान में उपयुक्त मौलिक पहलुओं पता लगाना होता है । कार्बनिक रसायनविज्ञान ग्रूप मुख्यत: रासायनिक अनुसंधान एवं विकास के अलावा व्यापारिक मूल्य के अणुओं के संश्लेषण, प्रक्रिया रसायनविज्ञान, कस्टम संश्लेषण, प्राकृतिक उत्पादों का पृथक्करण एवं जैवसक्रियता का मूल्यांकन पर अधिक बल देता है । जैवकार्बनिक ग्रूप ओलिगोन्यूक्लिओटाइड्स, पेप्टिडोमाइमेटिक्स, संश्लिष्ट फोल्डामर्स एवं जैवउत्प्रेरण का संश्लेषण एवं उनके संभावित जैवचिकित्सकीय अनुप्रयोग पर अनुसंधान कार्य करता है । कार्बनिक रासायनिक मेकैनिज्म की अच्छी समझ के कारण यह ग्रूप जैवसंश्लिष्ट पाथवे में एन्जाइम के अभिलक्षणन हेतु रसायनविज्ञान का जीवविज्ञान तथा पदार्थविज्ञान के साथ इन्टरफेस करता है ।